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Identification de facteurs clés impliqués dans la résistance à la fusariose du vanillier par des approches de génomique et de génotypage haut débit

ABG-85440 Sujet de Thèse
14/05/2019 < 25 K€ brut annuel
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Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement
Saint Pierre - Réunion
Identification de facteurs clés impliqués dans la résistance à la fusariose du vanillier par des approches de génomique et de génotypage haut débit
  • Biologie
  • Biotechnologie
Vanilla, Oxford Nanopore séquençage, GBS, Fusarium oxysporum, Gènes de résistance, Bio-informatique

Description du sujet

Le séquençage du génome de Vanilla planifolia dont notre équipe est leader représente un véritable réservoir de connaissances en appui au programme d’amélioration variétale du vanillier, en particulier en donnant accès aux séquences de gènes potentiellement impliqués dans la résistance à la fusariose. Le sujet de thèse proposé s’inscrit dans la dynamique de recherche engagée dans l’équipe et repose sur deux approches complémentaires : (i) l’analyse bio-informatique des données de séquençage d’ADN génomique du clone CR40 de V. planifolia, en ciblant l’étude sur des familles de gènes potentiellement impliquées dans la résistance et (ii) la cartographie génétique de la résistance via l’analyse d’une population en ségrégation issue de l’autofécondation de CR40 phénotypée pour la résistance et le développement de marqueurs moléculaires haut débit. Cette étude permettra donc in fine d’identifier des facteurs génétiques de résistance à la fusariose.

Prise de fonction :

01/10/2019

Nature du financement

Contrat doctoral

Précisions sur le financement

Ecole Doctorale Sciences Technologie Santé (ED 542) Université de La Réunion

Présentation établissement et labo d'accueil

Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement

Le laboratoire d'accueil est l'unité mixte de recherche (UMR) "Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical" (PVBMT) localisé à St Pierre à La Réunion (97410).

Le doctorant sera accueilli au Pôle de Protection des Plantes (3P) sur le site CIRAD à St Pierre et bénéficiera des plateformes techniques (biologie moléculaire, mycologie, culture in vitro, phénotypage, …) du site. La collection de vanilliers du Centre de Ressources Biologiques (CRB) Vatel gérée par l’équipe d’accueil sera également à disposition du doctorant. Les outils bio-informatiques sont développés dans le cadre du projet de séquençage VaniSeq, en collaboration avec les palteformes GeT-PlaGe et CNRGV (INRA, Toulouse) ainsi que Southgreen (UMR AGAP, CIRAD Montpellier). Le doctorant sera accueilli dans une structure de recherche scientifique active (34 chercheurs, 16 doctorants au 01/01/2019).

Intitulé du doctorat

Doctorat "Sciences, technologies et santé"

Pays d'obtention du doctorat

France

Etablissement délivrant le doctorat

Université de La Réunion

Ecole doctorale

Ecole doctorale "Sciences, technologies et santé" (STS, ED 542)

Profil du candidat

Le candidat doit avoir une double compétence en sciences du végétal et en bio-informatique afin de mener à bien (i) les analyses de données haut débit de séquençage d'ADN de vanilliers et de données de génotypage par séquençage (GBS) et (ii) les analyses phénotypiques pour la caractérisation de gènes de résistance à la fusariose.

Le doctorant travaillera à l'interface de plusieurs domaines de la biologie (génomique, génétique, bioinformatique, pathologie végétale) et devra être à même de mener une démarche multidisciplinaire en interaction avec les membres de l'équipe (chercheurs et techniciens) et les partenaires des différents projets dans lesquels s'insert ce sujet de thèse.

Autres compétences souhaitées :

- Expérience en analyses statistiques (R)

- Maîtrise de l'anglais et de la rédaction scientifique

- Sens de l'organisation

- Adaptabilité au travail à La Réunion

 

 

Date limite de candidature

22/05/2019
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