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Dans le « Rapport d'auto-évaluation 2005-2010 » qu'elle a préparé dans le cadre de son évaluation par l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (AERES), l’Agence nationale de la recherche (ANR) indique que « les financements de l’ANR sont aussi des générateurs importants d’emplois scientifiques [et qu’ils] permettent des recrutements en CDD pour des chercheurs, ingénieurs et techniciens, pour des doctorants et des post-doctorants. Elle précise, de surcroît, que « chaque édition d’appels à projets a permis l’embauche de 900 à 1.000 doctorants et d’autant de post-docs » et que « au sein des programmes [...] la plupart d’entre eux, dans une proportion de 92 % à 95 % suivant le domaine scientifique considéré, trouvent rapidement un autre emploi, pour moitié un CDI et pour moitié un autre CDD ».Après la loi Allègre de 1999 et en même temps que furent créées les UMR (Unités Mixtes de Recherche) et les IFR (Instituts Fédératifs de Recherche), la loi d’orientation et de programmation de la recherche (LOPR) de 2006 voulait favoriser le décloisonnement et la coopération entre les acteurs de la recherche. Pour rappel, les « RTRA (Réseaux Thématiques de Recherche Avancée) regroupant des équipes et des laboratoires, les PRES (Pôles de Recherche et d’Enseignement Supérieur) permettant de fédérer des établissements d’enseignement supérieur et de recherche (Universités, Écoles) [...], les EPCS (Établissements publics de coopération scientifique) [...] et enfin les FCS (Fondations de coopération scientifique) offrant un cadre souple de droit privé à caractère non lucratif » furent mis en place durant cette période.
L’agence Nationale de la Recherche, fut elle-même créée le 7 février 2005 et en 2007, l’État décidait de financer par un Grand Emprunt des « Investissements d’avenir » déclinés aujourd’hui en Idex (Initiatives d’excellence), Labex (Laboratoires d’excellence), Equipex (équipements d’excellence), SATT (sociétés d’accélération du transfert de technologie), IRT (instituts de recherche technologique) et autres Instituts Carnot où la R&D et l’innovation auraient à jouer un rôle clé pour assurer au pays une nouvelle croissance et une nouvelle compétitivité.
Parmi d’autres objectifs, l'ANR entend notamment « soutenir l'évolution des universités » et « s'interroge sur les moyens à mettre en œuvre pour mieux répondre aux besoins des futurs "écosystèmes d'enseignement, de recherche et d'innovation" résultant d'une part des nouvelles structures financées par les investissements d'avenir [...], et d'autre part de l'émergence de grands pôles universitaires de recherche ». L'agence compte également « poursuivre l'effort en faveur de la transdisciplinarité et de la prospective ».
Comme le dit elle-même l’Agence, « si l’organisation de la recherche par projets et appels d’offres existait avant la création de l’ANR, notamment dans le cadre des fonds du ministère de la Recherche et le PCRD, l’ANR a contribué à accroître significativement ce mode de financement et d’organisation sur l’ensemble des domaines de la recherche en France avec « environ 1 400 projets » financés chaque année, soit « près de 9 000 depuis sa création en 2005 ».
Elle ajoute que « le financement par projets reste cependant, en France, relativement limité. Il est de l’ordre de 10 % de la dépense publique (dont 7 % pour l’ANR) alors qu’il représente une grande majorité des financements aux États-Unis, au Royaume Uni, en Allemagne et en Europe du Nord. En termes de crédits incitatifs, l’ANR représenterait toutefois près de la moitié des sommes disponibles sur financement de l’enveloppe "recherche nationale". Recourir à l’ANR pour présenter des projets est donc devenu fondamental pour les entités organisées que sont les Unités de recherche ».
Elle précise encore que « l’ampleur du nombre de projets collaboratifs a considérablement élargi le niveau d’échanges entre équipes, mais également entre organismes de recherche [...] et que « de très nombreux projets sont désormais bâtis sur des approches inter ou transdisciplinaires » et que « leur part relative est croissante depuis 2005 ».