Le programme Ulysses est géré pour les partenaires irlandais par l'Irish Research Council et pour la France par le Ministère des Affaires Étrangères et du Développement International (MAEDI) et le Ministère de l’Éducation Nationale, de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche (MENESR).
Les appels à candidature, lancés sur une base annuelle, sont ouverts aux laboratoires de recherche rattachés à des établissements d’enseignement supérieur, à des organismes de recherche ou à des entreprises ou à des institutions culturelles impliquées en recherche.
Tous les domaines de recherche, à l’exception de la médecine clinique sont concernés par ce programme.
La participation active et la mobilité de jeunes chercheurs, en particulier doctorants ou post-doctorants, est un des tous premiers critères de sélection.