Métabolisme microbien de lacs urbains : puits ou source de carbone et d'azote sous stress anthropique // Microbial metabolism of urban lakes : sink or source of carbon and nitrogen under anthropogenic stress ?

Les milieux aquatiques continentaux, notamment ceux à proximité des villes (e.g. lacs urbains, péri-urbains, fleuves), sont fortement soumis à des apports en antibiotiques (ATB), micropolluants identifiés comme une menace anthropogénique importante. Au sein de ces écosystèmes, les microorganismes sont impliqués dans le recyclage de la matière organique et jouent un rôle essentiel dans les capacités de l'écosystème à être une source ou un puits de carbone et d'azote.
Si la dissémination des gènes de résistance aux ATB en milieu naturel fait l'objet de nombreux travaux, les conséquences sur le métabolisme et les services écosystémiques sont peu abordées.
L'objectif du projet de thèse est de déterminer (i) si des milieux aquatiques urbains contrastés (de méso- à hypereutrophe) répondent différemment aux stress chimiques liés aux antibiotiques, de par un résistome différent, et (ii) dans quelle mesure ces stress engendrent des modifications fortes des fonctions écosystémiques de stockage ou émission de carbone et d'azote.
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Continental aquatic environments, particularly those close to cities (e.g. urban and peri-urban lakes, rivers), are heavily subjected to inputs of antibiotics (ATBs), micropollutants identified as a major anthropogenic threat. Within these ecosystems, microorganisms are involved in the recycling of organic matter and play an essential role in the ecosystem's capacity to be a source or sink of carbon and nitrogen.
While the dissemination of ATB resistance genes in the natural environment has been the subject of a great deal of research, the consequences for metabolism and ecosystem services have received little attention.
The aim of the thesis project is to determine (i) whether contrasting urban aquatic environments (from meso- to hypereutrophic) respond differently to chemical stresses linked to antibiotics, due to a different resistome, and (ii) to what extent these stresses generate strong modifications of the ecosystem functions of carbon and nitrogen storage or emission.
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Début de la thèse : 01/10/2025

Contrats ED : Programme blanc SU-SIM

Sorbonne Université SIM (Sciences, Ingénierie, Médecine)

129 Sciences de l'Environnement d'Ile-de-France

Le/la candidat(e) possédera un master en écologie et/ou microbiologie, aura des connaissances en écologie microbienne en milieu aquatique, sera autonome avec un bon esprit d'équipe, des qualités rédactionnelles et orales. Des compétences en biologie moléculaire et/ou analyses bio-informatique seront un plus.
he candidate will have a master's degree in ecology and/or microbiology, knowledge of microbial ecology in aquatic environments, autonomy, team spirit, writing and speaking skills. Skills in molecular biology and/or bioinformatics analysis would be a plus.