Influence de la variabilité génétique et de la communauté microbienne endophyte sur la production de métabolites spécialisés par les Brassicacées (ENDOBRASSI) // Influence of genetic variability and the endophytic microbial community on the production of

L'objectif du projet de thèse (ENDOBRASSI) est de comprendre l'influence de l'écosystème microbien endophyte sur la production de métabolites spécialisés par les plantes de la famille des Brassicacées en prenant en compte la variabilité génétique inter et intra-espèces. Cette étude présente un intérêt fondamental pour la compréhension du rôle des endophytes dans la stimulation des défenses naturelles de la plante dans une logique d'application en biostimulation/biocontrôle. L'existence d'un dialogue moléculaire entre l'endophyte et son hôte sera mise en évidence.
La waide, plante tinctoriale historique et régionale, est à nouveau cultivée par des agriculteurs sur le territoire régional des Hauts de France à la fois pour l'extraction du pigment indigo mais aussi pour l'huile retrouvée dans ses graines. Non domestiquée, cette espèce végétale semble se développer et croitre en contournant les stress biotiques et abiotiques, très probablement en lien avec des microorganismes endophytes spécifiques. La caractérisation de ces endophytes et des métabolites spécialisés qu'ils produisent, ainsi que la caractérisation au niveau moléculaire des parties racinaires de la waide en lien avec la présence des endophytes seront mis en œuvre. Les endophytes identifiés seront testés avec d'autres espèces de Brassicacées dont le Colza, plante d'intérêt économique et Arabidopsis plante modèle.
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The objective of the thesis project (ENDOBRASSI) is to understand the influence of the endophytic microbial ecosystem on the production of specialized metabolites by plants of the Brassicaceae family, taking into account inter- and intra-species genetic variability. This study is of fundamental interest for understanding the role of endophytes in stimulating the natural defenses of the plant with a view to application in biostimulation/biocontrol. The existence of a molecular dialogue between the endophyte and its host will be demonstrated.
Waid, a historic and regional dye plant, is once again being cultivated by farmers in the Hauts de France region, both for the extraction of indigo pigment and for the oil found in its seeds. This undomesticated plant species seems to develop and grow by circumventing biotic and abiotic stress, most likely in connection with specific endophytic microorganisms. The characterization of these endophytes and the specialized metabolites they produce, as well as the molecular characterization of the root parts of the waide in relation to the presence of the endophytes will be implemented. The identified endophytes will be tested with other Brassicaceae species including rapeseed, a plant of economic interest, and Arabidopsis, a model plant.
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Début de la thèse : 01/10/2025

Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)

Concours pour un contrat doctoral

Université de Picardie - Jules Verne

585 Sciences, Technologie, Santé

Titulaire d'un diplôme Master 2 ou Ingénieur (agri/agro) dans le domaine des sciences du vivant. - Compétences théoriques et pratiques en microbiologie, physiologie végétales, interactions plantes-microorganismes - Connaissances dans les domaine de la biologie cellulaire, de la biologie moléculaire, et de la biochimie végétale - Intérêt pour le travail au laboratoire et en serre - Bonnes capacités rédactionnelles (protocoles, présentations et rapports) - Maîtrise de l'anglais scientifique - Capacité d'adaptation à plusieurs équipes - Capacité d'organisation et autonomie - Rigueur, curiosité scientifique, esprit d'initiative et esprit d'équipe
Holder of a Master 2 or Engineering degree (agri/agro) in the field of life sciences - Theoretical and practical skills in microbiology, plant physiology, plant-microorganism interactions - Knowledge in the fields of cell biology, molecular biology, and plant biochemistry - Interest in laboratory and greenhouse work - Good writing skills (protocols, presentations and reports) - Proficiency in scientific English - Ability to adapt to several teams - Organizational skills and autonomy - Rigorous approach, scientific curiosity, initiative and team spirit