Stage Master2: Régulations du facteur d'épissage U2AF2 dans la cellule normale et cancéreuse / Regulations of the splicing factor U2AF2 in normal and cancer cells.

Le stage M2 se déroulera au sein du laboratoire « Structure – Activité des Biomolécules Normales et Pathologiques » (U1204 de l’INSERM) situé à l’Université d’Evry. Cette unité de recherche utilise des techniques innovantes de biologie moléculaire, de microscopie et de biologie cellulaire pour identifier et caractériser les mécanismes impliqués dans la formation et les fonctions des complexes macromoléculaires et leurs déficits associés notamment aux maladies neurodégénératives et au cancer.

Le laboratoire SABNP est spécialisé dans l'étude des interactions ARN-protéines impliquées dans l'expression des gènes et en particulier dans l'épissage des ARNs. Le laboratoire développe également des technologies innovantes pour étudier ces interactions, en partenariat avec le cluster de biotechnologies du Génopole situé à Evry.

L'épissage est une étape clé de la maturation des ARNs au cours de laquelle des séquences intermédiaires (introns) sont supprimées pour produire des ARN messagers matures (1). Les défauts d'épissage des ARNs ont généralement des conséquences sévères pour l'expression des protéines et la santé. En particulier, certains cancers et maladies génétiques sont associés à des mutations des séquences d'ARN reconnues par la machinerie d'épissage (le spliceosome), ou à des mutations des facteurs d’épissage eux-mêmes (2, 3). Cependant, le mécanisme de l’épissage et ses défauts associés aux maladies sont encore mal caractérisés.

Le laboratoire SABNP s’intéresse à une étape initiale de la formation du spliceosome, au cours de laquelle sont déterminés les sites de coupure et de jonction dans l’ARN cible. Ce mécanisme met en jeu un réseau complexe d’interactions entre différents facteurs d’épissage. Parmi ces facteurs, U2AF2  joue un rôle essentiel dans la reconnaissance des signaux d'épissage sur l'ARN. Notre équipe a récemment démontré que U2AF2 agit de manière coopérative et forme des complexes macromoléculaires, permettant ainsi la reconnaissance de séquences d'ARN particulières dans les ARN pré-messagers (4).

Par ailleurs, nous avons identifié un ensemble de protéines interagissant avec U2AF2. Dans ce contexte, le projet du stage visera à caractériser ces interactions et leurs implications dans le contrôle de l'épissage alternatif. Les perturbations de ces interactions dans le cancer seront recherchées à l'aide de modèles cellulaires.

Ce stage sera effectué au sein de l'équipe "Molecular interactions during spliceosome assembly", dont les travaux visent la compréhension des interactions moléculaires qui guident la reconnaissance des sites d'épissage des ARNs pre-messagers. Pour ces études, nous mettons en œuvre des techniques de biochimie, de biologie moléculaire et cellulaire, associées à des analyses bioinformatiques des transcriptomes.

L'équipe fait partie du laboratoire SABNP, qui est spécialisé dans l'étude des interactions ARN-protéines impliquées dans l'expression des gènes.

1.         Wilkinson, M. E., Charenton, C., and Nagai, K. (2020) RNA Splicing by the Spliceosome. Annu Rev Biochem. 89, 359–388

2.         Scotti, M. M., and Swanson, M. S. (2016) RNA mis-splicing in disease. Nat Rev Genet. 17, 19–32

3.         Bonnal, S. C., López-Oreja, I., and Valcárcel, J. (2020) Roles and mechanisms of alternative splicing in cancer - implications for care. Nat. Rev. Clin. Oncol. 17, 457–474

4.         Tari, M., Manceau, V., de Matha Salone, J., Kobayashi, A., Pastré, D., and Maucuer, A. (2019) U2AF65 assemblies drive sequence-specific splice site recognition. EMBO Rep. 20, e47604

Profil du candidat: biochimie, biologie moléculaire, biologie cellulaire, ou bioinformatique.

Candidature: CV, lettre de motivation, notes de licence et M1.

Le(a) candidat(e) sera titulaire d’un Master 1 avec mention  (ou en cours d’acquisition) avec un parcours universitaire de qualité et une forte motivation.