Stage de M2

L’ICOA compte en janvier 2022  111 personne, dont  56 permanents (32 Enseignants-Chercheurs/Chercheurs, 3 Professeurs émérites, 21 ITA/IATOSS), 6 CDD (techniciens,ingénieurs, administratifs), 32 doctorants et 10 post-doctorants, 7 stagiaires (BTS, Master).  .
En 2021,  71 articles scientifiques  de rang A ont  été publiés. Depuis 2010, 886 publications et ouvrages ont été publiés,  23 brevets ont été déposés et internationalisés . 116 thèses de doctorat et 10 habilitations à diriger des recherches ont été soutenues . Enfin 1864 communications (dont 310 conférences, 1537 communications orales et par affiches) dans des congrès nationaux et internationaux ont été effectuées.Le Laboratoire a été reconnu deux fois Laboratoire d'excellence (LABEX) en 2011, renouvelés tous les 2 en 2020: IRON et SYNORG.

En collaboration avec le Centre de Biophysique Moléculaire (CBM) à Orléans nous proposons un stage de 6 mois à partir de Janvier 2025

Date de la cloture des candidature : début novenbre 2024

Production des composés antimicrobiens par les microalgues et
analyse Métabolomique
Contexte : En aquaculture, les maladies infectieuses entraînent des pertes économiques
considérables incitant les aquaculteurs à une forte utilisation d'antibiotiques tant en prévention
qu'en traitement des infections. Cette surutilisation d’antibiotiques conduit à l'augmentation de
la résistance microbienne, rendant la recherche de solutions alternatives de plus en plus urgente.
C'est dans ce contexte que nous explorons le potentiel des microalgues
Les microalgues, en tant qu'organismes photosynthétiques, jouent un rôle clé dans
divers écosystèmes aquatiques et sont reconnues pour leur capacité à produire une large gamme
de métabolites secondaires, incluant des molécules aux propriétés bioactives. Dans leurs niches
naturelles, ces microorganismes évoluent en symbiose avec une multitude de bactéries, formant
ainsi des écosystèmes complexes où les interactions interspécifiques jouent un rôle crucial dans
leur survie influençant mutuellement leur métabolisme et leur potentiel à produire des
molécules antimicrobiennes.
Dans ce contexte, de nombreuses études sont de plus en plus axées sur l'exploration des
différents types d'interactions symbiotiques entre microalgues et bactéries dans le but de mieux
comprendre le « cross-talk » métabolique entre ces microorganismes. Néanmoins malgré des
progrès conséquents en recherche pour décrypter les différentes voies métaboliques des
microalgues, leur métabolisme en lien avec leur système de production des molécules
antimicrobiennes reste à explorer
Objectifs
Dans le cadre de ce projet, nous cherchons à examiner le potentiel du stress biotique
(présence de bactéries marines connues pour leur impact néfaste dans le domaine de
l’aquaculture) sur le métabolisme et la production de molécules antimicrobiennes par les
microalgues. Ce stage est donc dédié à l'étude de la production des molécules antimicrobiennes
par les microalgues, il combinera différentes approches (microbiologie, biochimie et
métabolomique).
Programme du stagiaire :
Ce stage sera réalisé entre les deux laboratoires : Institut de Chimie Organique et Analytique
(ICOA) et le Centre de Biophysique Moléculaire (CBM).
1) Réalisation des expériences de co-culture (ICOA) : l'étudiant(e) se basera sur la preuve de
concept déjà établie au laboratoire pour mener des expériences de co-culture. Cette partie
nécessitera des techniques de culture cellulaire (végétales et bactériennes), le repiquage et le
maintien des souches. Il/elle suivra également la croissance cellulaire avec des mesures de la
densité optique, le comptage cellulaire et le dosage de la chlorophylle.
2) Sélection des souches bactériennes sensibles (ICOA) : l'étudiant(e) sera chargé(e) de
suivre et d'analyser la croissance des deux microorganismes dans la co-culture. Il/elle utilisera
différentes techniques telles que : la coloration de Gram, DAPI, microscopie, dénombrement
cellulaire, afin de déterminer les souches bactériennes dont la croissance est impactée par la
condition de la co-culture avec les microalgues.
3) Analyse métabolomique par RMN (CBM) : le/la stagiaire réalisera les étapes suivantes :
préparation des échantillons RMN, acquisition de séries de spectres RMN 1D et 2D sur le
spectromètre 700 MHz équipé d’une cryosonde, traitement et analyse des spectres RMN,
analyses statistiques uni et multi variées, et identification des métabolites qui diffèrent entre les
conditions comparées (co-culture ou non de bactéries avec les microalgues).

Impliqué, rigoureu, ponctuel et organisé

Connaissance en biochimie, en microbiologie et en cultures cellulaires