Analyses de données transcriptomiques pour étudier les effets cardiovasculaires des faibles doses des rayonnement ionisants

L’Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire, qui changera de nom à partir du 1er janvier 2025 et deviendra l'Autorité de Sûreté Nucléaire et de Radioprotection (ASNR), est un acteur de premier plan dans les domaines des activités nucléaires et de la radioprotection, à la fois centre de recherche et pôle d’expertise pluridisciplinaire rassemblant 1 800 personnes. L’Institut opère sous la tutelle conjointe des ministres chargés de la Défense, de l'Environnement, de l'Industrie, de la Recherche et de la Santé. Le stage se déroulera dans le laboratoire de radiotoxicologie et de radiobiologie expérimentale (LRTOX) de l’institut de radioprotection et de sureté nucléaire, situé à Fontenay-aux-Roses (92), un laboratoire de recherche qui s'intéresse aux mécanismes biologiques des effets sanitaires des rayonnements ionisants. Le candidat retenu travaillera au sein d'une équipe nombreuse et dynamique, dans un environnement de travail diversifié, et dans un laboratoire bien équipé.

Selon l’Organisation Mondiale de la Santé, les maladies cardiovasculaires (MCV) sont responsables de la mort de près de 17,9 millions de personnes dans le monde chaque année. Les résultats des études épidémiologiques suggèrent une association entre les expositions aux rayons ionisants (RI) et les MCV dans des gammes de doses fortes à modérées (au-dessus de 500 mGy). Les expositions à des doses élevées de RI favorisent le développement de MCV tels que l'athérosclérose et les accidents vasculaires cérébraux. Cependant, nos connaissances dans les gammes de doses plus faibles restent largement contestées, par les lacunes dans la compréhension des effets des RI à faibles doses et le manque de puissance statistiques nécessaire pour obtenir des résultats robustes. Dans ce contexte, il est désormais établi que l’emploi d’analyses biologiques à larges spectres nécessite des développements méthodologiques en bio-statistique et bio-informatique pour caractériser l'impact potentiel des faibles doses de RI sur MCV et comprendre l’ensemble des mécanismes impliqués dans la réponse biologique d’un organisme vivant.

Le projet de ce stage repose sur les analyses des données transcriptomiques pour étudier les effets d’une exposition à de faibles doses de rayonnements ionisants couplée au facteur de risque du stress psychique sur la pathologie athéromateuse et ses conséquences vasculaires.

L’étudiant a pour objectif :

• Le choix du pipeline bio-informatique
• Le traitement et le nettoyage des données brutes.
• Le choix de l’analyse statistique pour l’identification des gènes d'intérêt.
• L’analyse d’enrichissement des voies biologiques. Une étude comparative entre l’expression différentiel et les analyses multivariées sera également menée.

Ce projet permettra d’acquérir une vision globale et précise des réponses moléculaires mises en place dans ce contexte d’exposition. Le stage proposé vise à étudier un ensemble d’outils d’analyse et de réduction dimensionnelle adaptés aux données transcriptomiques.

Le stage s’adresse à des étudiants de Master 2 ou de 3ème cycle en école d’ingénieur en bio-informatique ayant connaissance de l’analyses de données omiques, notamment transcriptomiques.

 Il/elle devra mobiliser les compétences suivantes : 1/ Connaître et utiliser R pour la réalisation des analyses exploratoires et biostatistiques 2/ Connaître le domaine d’activité (biologie, transcriptomique) 3/ Être à l’aise avec l’environnement Unix