Étude des facteurs de la réponse de l'immunité innée au virus de la peste porcine africaine // Study on the cellular factors determining the innate immune response to infections with African swine fever virus

Le virus de la peste porcine africaine (vPPA) induit une forte réponse cytokinique chez les animaux (porcs, sangliers) infectés. Différents niveaux de cytokines pro-inflammatoires et antivirales sont produits suite à l'infection par différentes souches du virus (virulentes ou atténuées). Les mécanismes de détection du vPPA et d'inhibition de la réponse immunitaire innée ne sont encore que partiellement caractérisés. Par exemple, la plupart des travaux sur les pathogen recognition receptors (PRR) se sont concentrés jusqu'à présent sur la voie cGAS/STING, tandis que le rôle d'autres voies de détection reste en grande partie inexploré. De même, bien que l'effet antiviral de l'interféron (IFN) contre le vPPA soit bien décrit, l'identité et les mécanismes d'action des gènes stimulés par l'interféron (ISG) bloquant le vPPA sont encore mal compris. Dans ce projet de thèse, nous allons caractériser les PRR et les ISG impliqués dans la réponse immunitaire innée au vPPA. Pour cela, nous utiliserons d'abord un modèle de macrophages dérivés de cellules souches CRISPR/Cas9 KO, récemment développé dans notre équipe grâce à une collaboration avec le Roslin Institute (Royaume-Uni). Nous étudierons le rôle de cGAS et d'autres PRR dans la détection du vPPA. Dans une deuxième approche, nous réaliserons le séquençage d'ARN à cellule unique (scRNAseq) sur des cellules infectées par le vPPA et traitées par l'IFN. En corrélant les niveaux d'expression d'ISG avec ceux de la réplication virale, nous espérons découvrir de nouveaux facteurs antiviraux contre le vPPA. Cela nous permettra d'obtenir une vision plus complète de la réponse immunitaire innée au vPPA et d'identifier des voies antivirales qui pourraient représenter des cibles théraeutiques intéressantes.
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African swine fever virus (ASFV) induces a strong cytokine response in infected animals (domestic pigs, wild boars). Different levels of pro-inflammatory and antiviral cytokines are produced following infection by various strains of the virus (virulent or attenuated), which likely has significant consequences on clinical disease development. While numerous studies focused on the role of individual viral genes in antagonizing the interferon response of the host, the mechanisms of ASFV detection and inhibition of the innate immune response remain incompletely characterized. For instance, most of the work on pathogen recognition receptors (PRRs) has focused on the cGAS/STING pathway so far, with the role of other PRRs being largely unexplored. Similarly, while the antiviral effect of interferon (IFN) against ASFV is well described, the identity and mechanisms of action of the IFN-stimulated genes (ISGs) restricting ASFV is not very well described. In this PhD project, we will characterize the PRRs and ISGs involved in the innate immune response to ASFV. To achieve this, we will first use a CRISPR/Cas9 knockout stem cell-derived macrophage model recently established in our team thanks to a collaboration with the Roslin Institute (UK). By knocking-out a selected set of DNA and RNA sensors, we aim to determine the relative contribution of cGAS and other PRRs in ASFV sensing. In a second approach, we will perform single cell RNA sequencing (scRNAseq) of ASFV-infected and IFN-treated cells. By correlating the expression levels of individual ISGs to the amount of viral replication, we aim to uncovering novel antiviral factors limiting ASFV replication. Together, this will allow us to get a more complete picture of the innate immune response to ASFV and to identify antiviral pathways that may represent promising targets for intervention.
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Début de la thèse : 01/10/2025

Financement d'une collectivité locale ou territoriale

Université de Tours

549 Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant - SSBCV

Compétences cognitives : Connaissances en virologie, immunologie, signalisation cellulaire. Analyse de données, communication / diffusion auprès des publics scientifiques (réunions de laboratoire, conférences) et du grand public (événements de sensibilisation). Rédaction scientifique et communication orale en anglais. Compétences techniques : Culture cellulaire et méthodes classiques de virologie (production de virus, titration, infection, etc.).Une expérience du travail en L3 serait un atout. Compétences en biologie moléculaire (clonage moléculaire, RTqPCR, etc.) et cytométrie en flux. Notion de programmation R pour des analyses statistiques avancées (Seurat, Monocle).
Cognitive skills: Knowledge in virology, immunology, cell signalling. Data analysis, communication/dissemination to scientific audiences (lab meetings, conferences) and to the public (outreach events). Scientific writing and oral communication in English. Technical skills: Cell culture and classic virology methods (virus production, titration, infection, etc.). Work experience in a BSL-3 environment would be a plus. Molecular biology skills (molecular cloning, RTqPCR, etc) and flow cytometry. Basic knowledge in R programming for advanced statistical analysis (Seurat, Monocle).