Effets de changements environnementaux sur les plantes aquatiques des lacs alpins : caractérisation et rôles des composés spécialisés et de la diversité microbienne associée // Effects of environmental changes on aquatic plants in Alpine lakes: characteri

Les changements globaux (hausse des températures, pollutions) impactent le fonctionnement des écosystèmes aquatiques lacustres et agissent notamment sur les producteurs primaires comme les macrophytes. Ils peuvent modifier les traits fonctionnels des végétaux (biomasse, surface foliaire…) et la production de métabolites primaires (protéines, sucres...) et de métabolites spécialisés. Ces derniers regroupent les composés organiques biogéniques volatils (COVB) et les composés non volatils (polyphénols). La production par les macrophytes de COVB vs métabolites spécialisés non volatils vs les métabolites primaires reste peu étudiée dans les écosystèmes lacustres et serait modulée selon l'espèce et les conditions du milieu. De même, la prise en compte de la diversité microbienne des communautés associées aux macrophytes (feuilles et tiges) et dans la rhizosphère (racines et sédiment) permettra de mieux comprendre les interactions plantes-microbiome qui reste aujourd'hui à explorer.
L'objectif de ce projet est de caractériser i) la production par des macrophytes de métabolites spécialisés (COVB, polyphénols) par des approches métabolomiques et ii) la diversité de leur microbiome par des approches moléculaires en réponse à des facteurs de stress multiples (hausse de température, pollutions). Ce travail pluridisciplinaire comprendra des prélèvements de macrophytes dans des lacs alpins et des mises en culture en laboratoire pour affiner les mécanismes impliqués (défense, allélopathie). Ces nouvelles connaissances liées à la compréhension des interactions macrophytes-microbiome dans les écosystèmes lacustres pourraient ensuite être intégrées dans la restauration et de gestion de ces écosystèmes.
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Global changes (rising temperatures, pollution) are having an impact on the functioning of aquatic lake ecosystems, particularly on primary producers such as macrophytes. They can modify the functional traits of plants (biomass, leaf area, etc.) and the production of primary metabolites (proteins, sugars, etc.) and specialised metabolites. The latter include volatile biogenic organic compounds (VBOCs) and non-volatile compounds (polyphenols). The production by macrophytes of VBOCs vs non-volatile specialised metabolites vs primary metabolites remains poorly studied in lake ecosystems and is thought to vary according to the species and environmental conditions. Taking into account the microbial diversity of communities associated with macrophytes (leaves and stems) and in the rhizosphere (roots and sediment) will provide a better understanding of plant-microbiome interactions.
The aim of this project is therefore to characterise i) the production by macrophytes of specialised metabolites (COVB, polyphenols) using metabolomic approaches and ii) the diversity of their microbiome using molecular approaches in response to multiple stress factors (temperature rise, pollution). This multidisciplinary project will involve taking samples of macrophytes from Alpine lakes and culturing them in the laboratory to refine the mechanisms involved (defence, allelopathy). The new knowledge gained from understanding macrophyte-microbiome interactions in lake ecosystems could then be incorporated into the restoration and management of these ecosystems.
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Début de la thèse : 01/10/2025

Contrat doctoral

Concours pour un contrat doctoral

Université de Savoie Mont-Blanc

634 Sciences Ingénierie Environnement

Nous recherchons un.e étudiant.e, très motivé.e par le sujet ayant d'excellents résultats universitaires. Elle/il doit être intéressé.e par une approche pluridisciplinaire, avoir de l'intérêt à travailler en laboratoire (expériences, analyses chimiques biochimiques et microbiologiques) et sur le terrain (prélèvements). Elle/il sera encouragé.e à développer une ligne de recherche, notamment pour l'expérimentation en laboratoire, et donc être force de proposition. La candidate, le candidat devra : - présenter d'excellents résultats universitaires et un bon niveau en anglais, - posséder une solide formation en sciences de l'environnement (biochimie, microbiologie, biologie moléculaire, écologie, statistiques) avec une spécialité dominante. Une collaboration avec des chimistes permettra d'acquérir les techniques de mesures des composés spécialisés et des polluants. - présenter un intérêt pour le travail en laboratoire et sur le terrain, - savoir travailler en collaboration, - faire état d'une curiosité scientifique afin d'appréhender l'aspect pluridisciplinaire du sujet et les différentes échelles considérées dans ce projet.
We are looking for a highly motivated student with excellent university results. He/she should be interested in a multidisciplinary approach and have an interest in working in the laboratory (experiments, biochemical and microbiological chemical analyses) and in the field (sampling). He/she will be encouraged to develop a line of research, particularly for laboratory experimentation, and therefore be able to make proposals. The candidate should : - have excellent academic results and a good level of English, - have a solid background in environmental sciences (biochemistry, microbiology, molecular biology, ecology, statistics) with a dominant speciality. Working with chemists will enable them to acquire techniques for measuring specialist compounds and pollutants. - have an interest in laboratory and field work, - be able to work well with others, - be scientifically curious in order to grasp the multidisciplinary aspect of the subject and the different scales considered in this project.