Postdoc Etude de la Biodiversité de la Méiofaune par Imagerie H/F

Bienvenue chez Ifremer

L'Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l'un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l'Ifremer s'inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l'hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l'océan Indien, l'Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l'Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l'océan, du littoral au grand large et des abysses à l'interface avec l'atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l'une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l'innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Les missions du poste

Date de clôture de réception des candidatures : 27/08/2024

Le post-doctorant sera basé dans le Laboratoire Environnement Profond de l'Unité BEEP (Biologie et Ecologie des Ecosystèmes marins Profonds) de l'Ifremer, situé sur le campus du centre Ifremer Bretagne.

Les écosystèmes marins profonds présentent une grande diversité biologique liée à la variabilité des environnements benthiques. La biodiversité et la dynamique naturelles de ces écosystèmes sont encore mal connues. Malgré notre exploration partielle de ce vaste domaine, nous savons que tous les habitats marins, y compris les fosses les plus profondes, subissent des impacts humains directs ou indirects.

Dans ce contexte, l'unité BEEP développe des projets de recherche visant à acquérir des connaissances sur la biodiversité et le fonctionnement de ces écosystèmes afin de soutenir le développement d'une gestion durable de l'environnement et de proposer des solutions pour une utilisation responsable des ressources naturelles des grands fonds marins.

Les communautés de la méiofaune benthique (microorganismes vivant dans les sédiments) comprennent certains des groupes d'organismes les plus diversifiés sur Terre. Il n'est donc pas surprenant que seule une petite partie de cette diversité ait été décrite et que nos connaissances sur leur biologie et leur écologie soient encore très fragmentaires.

Au sein du Laboratoire Environnement Profond, le poste à pourvoir fait partie du projet MEIODYSSEA, coordonné par l'unité BEEP, qui vise à exploiter les technologies de pointe et des outils innovants pour accélérer la description taxonomique de la méiofaune, en construisant un système de référence rapide et fiable pour l'identification de la méiofaune. Ce travail aboutira à la description d'environ 125 à 200 nouvelles espèces. En appliquant ce standard à des milliers d'échantillons couvrant divers écosystèmes marins et zones de profondeur, MEIODYSSEA vise à redéfinir notre approche de l'exploration des fonds marins et à combler le manque de connaissances sur la diversité, l'écologie et l'histoire évolutive de la méiofaune marine, ce qui facilitera la conservation des écosystèmes marins vulnérables.

Dans ce contexte, vous travaillerez au sein d'une équipe composée de chercheurs experts en taxonomie de la méiofaune, d'ingénieurs en microscopie et en imagerie, et de techniciens en biologie.

Missions principales

La méiofaune est le nom d'un assemblage diversifié d'organismes eucaryotes dominant l'environnement benthique. Elle comprend les petits animaux et les protistes définis sur base de la taille normalisée des mailles des tamis de respectivement 1000 m et 32 m comme limites supérieure et inférieure (Zeppilli et al. 2015 ; 2018). La méiofaune contribue aux processus et fonctions des écosystèmes et a été utilisée avec succès comme indicateur écologique et sentinelle de la santé des écosystèmes (Zeppilli et al. 2015). Dans la communauté de la méiofaune, le nombre d'espèces non décrites reste très important. Dans certains écosystèmes, comme les grands fonds marins, le nombre d'espèces non décrites peut atteindre 90 % alors que même dans les zones les mieux étudiées, le nombre d'espèces non décrites peut atteindre 40 %. Le recensement de la méiofaune marine est donc loin d'être complet (Curini-Galletti et al. 2012).

Dans ce contexte, vous serez en charge de l'étude de la méiofaune des échantillons benthiques côtiers de l'expédition TREC et des échantillons profonds des campagnes EDEN et BICOSE3 (nodules polymétalliques de la Zone Clarion-Clipperton (CCZ) et gisements de sulfures massifs des fonds marins (SMS)). Vous serez en charge du traitement des échantillons jusqu'aux analyses écologiques de ces zones contrastées en utilisant le pipeline innovant pour l'étude de la méiofaune développé par le projet MEIODYSSEA. En fonction des données complémentaires de chaque échantillonnage (métabarcoding, environnement), vous explorerez le rôle de la méiofaune dans les écosystèmes et la répartition des spécimens non décrits.

Les espèces inconnues feront l'objet d'une étude approfondie en vue d'une description taxonomique et de leur rôle dans les écosystèmes.

Activités principales

- Vous traiterez les échantillons de méiofaune au travers d'un workflow unique d'analyse à haut débit comprenant la séparation des échantillons par densité (ludox), le tri automatisé de la méiofaune par imagerie par cytométrie en flux, et l'imagerie automatisée de la méiofaune à l'aide d'un microscope motorisé.
- Vous traiterez les données de cytométrie en flux et d'imagerie en flux (annotation d'images / extraction de mesures morphométriques / biomasse / traits fonctionnels) afin d'évaluer l'efficacité de l'étude de la biodiversité à basse résolution / grande échelle sur les écosystèmes benthiques.
- Vous traiterez et annoterez des données d'imagerie à haute résolution (à partir d'un microscope motorisé et de l'acquisition de focus stacking) en utilisant des outils d'intelligence artificielle en cours de développement.
- Toutes les données d'imagerie seront utilisées dans le cadre d'études écologiques (mises en relation avec les données de barcoding et les données environnementales) pour évaluer l'impact anthropique sur les communautés benthiques en eaux peu profondes (TREC) et la menace minière en eaux profondes (nodules polymétalliques et gisements de SMS).
- La découverte de nouvelles espèces est attendue au cours du contrat et la description de nouveaux spécimens sera réalisée grâce à l'acquisition d'images à haute résolution (imagerie 3D avec les partenaires du projet). Vous serez en charge du développement de l'imagerie haute résolution pour la description taxonomique des nouvelles espèces et contribuerez à la description des espèces, avec les partenaires associés de MEIODYSSEA, basées sur des analyses barcoding, transcriptomiques et protéomiques.
- Tous les résultats seront valorisés dans des conférences internationales, des publications et des événements de sensibilisation.

Champs relationnel

- En interne : Unité BEEP et Unité DYNECO (étude des écosystèmes côtiers)
- En externe : partenaires du projet MEIODYSSEA (Jamstec, Senckenberg, Naturalis), partenaires de l'expédition TREC

Le profil recherché

- Thèse en biologie (marine) (Bac +8), obtenu depuis 3 ans maximum.

Compétences mises en oeuvre

Compétences techniques / métiers

- Bonnes pratiques de laboratoire
- Connaissance de la microscopie et du traitement d'images
- Connaissance de logiciels (ou applications web) d'annotation (par ex. EcoTaxa, BIIGLE)
- Compétences en écologie (analyses de la biodiversité)
- Compétences en taxonomie, une première expérience dans le domaine de la méiofaune, ou du plancton, serait appréciée
- Compétences rédactionnelles

Qualités personnelles

- Bonne aptitude au travail en équipe
- Intérêt pour les projets en collaboration (partenaires internationaux)
- Intérêt pour les techniques innovantes
- Capacité d'encadrement (stages d'étudiants)
- Autonomie
- Esprit d'initiative