Diversité de l’espèce Streptococcus uberis et adaptation à la glande mammaire

Streptococcus uberis est un des principaux agents responsables de mammites chez la vache laitière, que ce soit des mammites cliniques ou subcliniques. Les répercussions sur l’élevage sont nombreuses : pertes économiques, altération du bien-être animal ou encore utilisation accrue d’antibiotiques. La mise en œuvre de nouvelles stratégies pour lutter contre les mammites causées par S. uberis nécessite de mieux connaître le processus infectieux et, plus spécifiquement, les caractéristiques génotypiques et phénotypiques importantes pour le déroulement de l’infection.

Ce projet aura pour premier objectif (Tâche 1) de mener à son terme l’analyse du génome de 120 souches de S. uberis isolées en France de mammites cliniques ou subcliniques, avec une attention particulière portée aux gènes impliqués dans la virulence, la résistance aux antibiotiques ainsi que l’adaptation métabolique aux conditions inflammatoires.

Le candidat réalisera ensuite une analyse fonctionnelle des voies métaboliques identifiées dans la tâche 1 comme spécifiques à S. uberis (Tâche 2).

Enfin, une analyse sans a priori des voies métaboliques activées par S. uberis lors d’un croissance en lait sain ou en condition inflammatoire permettra au candidat de déterminer comment S. uberis s’adapte aux conditions inflammatoires lors des mammites (Tâche 3).

Les données des Tâches 1, 2 et 3 seront intégrées dans une analyse globale de type mixOmics.

Ces données nous permettront de mieux comprendre le succès de S. uberis comme pathogène de mammite et serviront ensuite de support pour la mise en œuvre de nouvelles stratégies vaccinales ou d’alternatives aux antibiotiques pour favoriser l’élimination de S. uberis.

L’Unité mixte de recherche Infectiologie et santé publique (UMR ISP) est une structure conjointe entre INRAE et l’Université de Tours. Elle regroupe environ 160 personnes, dont 80 chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs.

L’UMR ISP a pour objectif de combattre les maladies infectieuses chez l’animal de rente et chez l’homme et qui , soit pèsent un lourd fardeau sur l’économie, soit présentent un danger pour la santé publique. Nos travaux s’accordent aussi avec le concept "One healthTM / Une seule Santé" qui promeut une recherche intégrée à l’interface entre l’homme, l’animal et l’environnement.

L'équipe IBIR (Infections bactériennes et Immunité des Ruminants) est composée de 5 chercheurs, d'un ingénieur et de 4 assistant ingénieur/techniciens. Le personnel non permanent comprend 2 doctorants, 1 assitant ingénieur et des étudiants de licence. L'équipe IBIR rassemble des bactériologistes et des immunologistes dont l'objectif est de comprendre la physiopathologie des maladies inflammatoires des ruminants, en particulier les mammites et la tuberculose bovine.

Le/la candidat(e) devra avoir des compétences en bioinformatique et biostatistique pour mener à bien une analyse de génomique comparative sur une centaine de génomes.

Le candidat doit également avoir une affinité pour la réalisation d'expériences de croissance bactérienne dans différents milieux et de bonnes connaissances en biologie moléculaire (extraction d’ARN, transcriptomique).

Qualités :

- Rigueur scientifique

- Bonne capacité de communication et ouverture d’esprit

- Forte motivation et persévérance