Développement de méthodes -omiques pour évaluer l'impact de l'Éco- Exposome Portuaire sur les juvéniles de poissons (DEEPomics) // Development of -omics methods to assess the impact of the Port Eco-Exposome on juvenile fish (DEEPomics)

Compte tenu des activités anthropiques portuaires, la qualité des eaux des ports est perturbée par des polluants tels que des éléments traces métalliques et des contaminants organiques, et par des communautés microbiennes provenant d'effluents. Tous ces apports chimiques et biologiques, qui font partie de l'éco-exposome portuaire, constituent un risque pour les écosystèmes des ports et les espèces qui se développent dans les environnements côtiers. En effet, les xénobiotiques sont capables de se bioaccumuler dans les organismes, produisant des modifications de la physiologie et de l'état de santé des espèces (European Environment Agency, 2018). Chez les poissons, le risque écologique induit par les accumulations aiguës de polluants est connu, en revanche, leurs effets sur l'état physiologique des poissons in vivo et dans le cas d'une pollution chronique faible sont peu documentés. Jusqu'à présent, les effets des polluants sur les juvéniles de poissons n'ont été caractérisés que par le biais de critères ciblés de comportement, des paramètres physiologiques ou métaboliques (taux d'hormones ou d'enzymes spécifiques), ou encore via des expériences en aquarium avec des pollutions aiguës. Cependant, il n'existe aujourd'hui aucun bio-indicateur du bon état physiologique des juvéniles de poissons in vivo. C'est dans ce contexte que nous proposons de mettre en place une approche multi omique, combinant métabolomique et biologie moléculaire, afin d'évaluer l'impact de l'éco exposome portuaire, in vivo, sur des juvéniles de poissons. Une telle méthodologie permettrait de détecter et d'identifier les caractéristiques moléculaires liées aux relations stimuli-réponses physiologiques.
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As a result of anthropogenic port activities, the quality of port waters is affected by pollutants such as trace of metals and organic contaminants, and by microbial communities coming from effluents. All these chemical and biological inputs, which form part of the port eco-exposome, can constitute a risk to port ecosystems and to the species that develop in coastal environments. Indeed, xenobiotics are capable of bioaccumulating in organisms, producing changes in the species physiology and health (European Environment Agency, 2018). In fish, the ecological risk induced by acute accumulations of pollutants is known, but their effects on the physiological state of fish in vivo and in the case of low chronic pollution are poorly documented. To date, the effects of pollutants on juvenile fish have only been characterised using behavioural criteria and physiological or metabolic parameters (levels of specific hormones or enzymes), as well as by aquarium experiments with acute pollution. However, there is currently no bio-indicator of the good physiological state of juvenile fish in vivo. It is in this context that we propose to develop a multi omics approach, combining metabolomics and molecular biology, in order to assess the impact of the eco-exposome on the physiological state of juvenile fish. Such a methodology would make it possible to detect and identify the molecular characteristics linked to stimulus-physiological response relationships.
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Début de la thèse : 01/10/2025

Contrat doctoral

Concours pour un contrat doctoral

Université de Perpignan Via Domitia

305 Energie et Environnement

Profil et compétences recherchées. Le/La doctorant(e) devra avoir les compétences suivantes : ● Savoir-faire en biologie, des connaissances en biologie moléculaire seront appréciées ● Savoir-faire en chimie analytique, des connaissances en métabolomique seront appréciées ● Des bonnes connaissances en statistiques de base seront appréciées ● Des connaissances de l'analyse de données utilisant R seront appréciées également ● Bonnes compétences organisationnelles ● Volontaire et rigoureux ● Bonne aptitude au travail en équipe
Profile and skills required. The PhD student should have the following skills: ● Skills in biology, knowledge in molecular biology will be appreciated ● Skills in analytical chemistry, knowledge in metabolomics will be appreciated ● Good knowledge of basic statistics will be appreciated ● Knowledge of data analysis using R will also be appreciated ● Good organisational skills ● Rigorous ● Good teamwork skills