Mémoire épigénétique et adaptation de la vigne à son environnement (CLONADAPT). // Epigenetic memory and grapevine adaptation to the environment (ClonAdapt)

Le changement climatique fait peser de nombreuses menaces sur l'agriculture, incluant la viticulture car il est à l'origine de nombreux stress pour les plantes. Différentes stratégies ont été élaborées pour atténuer ces effets, notamment la modification des méthodes de gestion des vignobles, mais aussi la sélection de nouvelles variétés de vigne et/ou de porte-greffes mieux adaptés aux contraintes environnementales. L'épigénétique fait référence aux changements héréditaires dans le fonctionnement du génome qui ne sont pas médiés par des variations de la séquence de l'ADN. Il est désormais clair que les processus épigénétiques peuvent contribuer à l'adaptation des plantes à leur environnement. La vigne, en tant que plante pérenne greffée et multipliée par clonage, offre l'opportunité d'explorer comment la mémoire épigénétique parentale peut être utilisées comme force motrice pour l'adaptation rapide à l'environnement de descendances générées par propagation clonale.
Dans le projet proposé, nous nous proposons d'étudier comment les clones vrais générés à partir des mêmes plantes mères, mais cultivées dans des conditions contrastées, ont évolué à la fois au niveau physiologique et moléculaire. Nous étudierons comment les conditions environnementales ont influencé les phénotypes et le métabolisme des plantes et comment cela est corrélé avec des changements moléculaires, y compris les programmes d'expression génique, les populations de petits ARN, les informations épigénétiques et les populations virales .Ces plantes seront à leur tour utilisées pour générer de nouvelles populations clonales afin d'évaluer la transmission par propagation asexuée des variations épigénétiques induites par l'environnement et leurs conséquences sur les réponses des descendances clonales a des stress biotiques et abiotiques, tels que l'infection par le mildiou et le stress hydrique.
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Climate change imposes numerous threats to viticulture by generating various types of stresses to the plants. Different strategies have been developed to mitigate such effects that include change of vineyard management methods but also the selection of new grapevine varieties and/or rootstocks better adapted to environmental stresses. Epigenetics refer to heritable changes in genome functioning that are not mediated by DNA sequence variations. It is now clear that epigenetic can mediate adaptation of plants to their environment. Grapevine as a perennial grafted clonally propagated plant, presents epigenetic specificities. Of particular interest, it offers the opportunity to explore how parental epigenetic memories can be used as a driving force for the rapid adaptation to the environment of clonaly propagated progenies.
In the proposed project we wish to explore how grapevine true clones, generated from the same mother plants, but grown in contrasted conditions have evolved both at the physiological and molecular level. We will explore how environmental conditions have influenced the phenotypes and metabolism of the clones and how this correlates with changes at the molecular level including gene expression programs, small RNA populations, epigenetic information and also virus populations. These true clones will in turn be used to generate a new clonal population in order to evaluate the inheritance through asexual propagation of environmentally induced epigenetic variations and of their consequences on the responses of the progeny to controlled stresses, such as drought stress or interactions with pathogenes.
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Début de la thèse : 01/04/2025

Autre type de financement - Institut Carnot- Plant2Pro (https://plant2pro.fr/)

Université de Bordeaux

154 Sciences de la Vie et de la Santé

Master ou diplôme d'ingénieur en biologie végétale ou dans un domaine de recherche connexe, y compris la biologie moléculaire, l'agronomie, la viticulture ou d'autres domaines connexes. Expérience de la méthode d'analyse quantitative des phénotypes et du progiciel statistique R correspondant. Expérience de l'analyse bioinformatique des données RNA seq (incluant éventuellement l'analyse des viromes), et/ou des données métabolomiques, et/ou des données épigénomiques et des méthodes statistiques associées. Compétences en communication orale et écrite en anglais. Le français n'est pas obligatoire mais est conseillé. Esprit d'équipe et capacité à travailler en collaboration avec plusieurs partenaires. Une expérience préalable dans la gestion de cultures de vigne et/ou dans l'analyse de la réponse au stress des plantes, et/ou en épigénétique serait un plus.
Master degree or engineer degree in plant biology, or related research area, including molecular biology, agronomy, viticulture or others related fields. Experience with quantitative analytical method of phenotypes and related R statistical package. Experience with bioinformatics analysis of RNA seq data (eventually including virome analysis), and /or metabolomics data, and /or epigenomic data and associated statistical methods. Oral and written English communication skills. French is not mandatory but would be helpful. Strong team spirit and ability to work in collaboration with several partners. The following would be a plus: previous experience in managing grapevine cultures and/or in the analysis of plant stress response, and/or in epigenomic studies.