Projet PARADISE : ImPact des interActions micRobiennes Au sein Des bIofilmS mixtEs sur la survie, la virulence et l’antibiorésistance bactérienne

Un des principaux mécanismes de survie des bactéries est d’adhérer à une surface pour s’associer en communauté et former des structures appelées biofilms, responsables d’infections de millions de personnes à travers le monde. Ces réservoirs infectieux sont difficiles voire impossibles à éradiquer car le mode de vie en biofilm confère aux micro-organismes une persistance accrue aux antibiotiques/antiseptiques et au système immunitaire. À ce jour, de nombreuses études ont été menées sur différentes espèces bactériennes en monoculture sans tenir compte de l’impact des co-infections. Les comportements bactériens s’avèrent pourtant différents et des traitements prometteurs se révèlent beaucoup moins efficaces en biofilms mixtes, notamment in vivo. L’objectif de notre projet sera de considérer l’écosystème microbien dans sa globalité afin d’identifier et comprendre les interactions s’établissant entre les communautés bactériennes qui pourraient être à l’origine d’échecs thérapeutiques. Nous nous intéresserons à 3 pathogènes nosocomiaux classés « critique » par l’organisation mondiale de la santé : Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa et Staphylococcus aureus. Ce projet de recherche ciblera des modèles de biofilms associant A. baumannii à P. aeruginosa ou à S. aureus, des co-pathogènes souvent retrouvés lors d’infections respiratoires.

Nous étudierons ces biofilms mixtes via un modèle de biofilms « classiques » sur supports abiotiques puis établirons un modèle sur support biotique en milieu mimant les conditions cliniques. La distribution et la proportion des espèces au sein des biofilms mixtes seront étudiées par différentes approches de microscopie et l’impact de la co-culture sur différents aspects des physiologies bactériennes sera analysé.

Deux objectifs à long terme sont ciblés : (1) proposer de nouvelles stratégies de lutte contre les co-infections bactériennes à biofilms et (2) tendre vers une utilisation appropriée des antibiotiques en tenant compte de l’impact des interactions polymicrobiennes sur leur efficacité.

Le laboratoire PBS est constitué de 5 équipes de recherche réparties sur 3 sites (Mont-Saint-Aignan, Rouen et Évreux).  Les activités de recherche se déclinent en 2 axes majeurs : axe « polymère Haute Performance » et axe « polymères et vivant ». Les projets de l’équipe BRICS (Biofilms, Résistance, Interactions Cellules-Surfaces) s’inscrivent dans la thématique « Nouvelles cibles thérapeutiques et molécules pour la lutte contre le biofilm » développée par l’axe « polymères et vivant ». Ils se focalisent sur l’étude des interactions entre les bactéries et les surfaces (biotiques ou abiotiques) et sur les mécanismes de résistance mobilisés par les micro-organismes, en particulier lorsque ceux-ci sont organisés biofilm. Le groupe possède ainsi une double expertise : au niveau de la bactérie et au niveau du matériau. L’équipe collabore avec de nombreux partenaires et structures locales et régionales telles que le CHU de Rouen, l’IRIB (Institut de Recherche et d’Innovation en Biologie), la fédération SéSaD (Sécurité sanitaire, bien-être et aliments durables) et HeRacLeS (US51 INSERM, UAR2026 CNRS, Université Rouen Normandie).  Ces partenariats profiteront à la réalisation du projet.

Étudiant.e titulaire d’un Master 2 en microbiologie ayant une expérience en laboratoire de recherche et possédant une expérience significative en microbiologie. Une expérience en biologie moléculaire et/ou en protéomique serait un plus. Un bon niveau en anglais scientifique est également souhaité. Au-delà de l’expertise scientifique requise pour mener le projet, le ou la candidat.e devra faire preuve de créativité, d’autonomie et démontrer des qualités relationnelles positives et un savoir-être professionnel exemplaire.