DALIPT : Décryptage des altérations génétiques dans la LLC : implications pour le pronostic et les stratégies thérapeutiques // DALIPT: Deciphering Genetic Alterations in CLL: Implications for Prognosis and Therapeutic Strategies

La leucémie lymphoïde chronique (LLC) est un cancer fréquent des lymphocytes B, avec 4 674 nouveaux cas diagnostiqués en France en 2018. Sa diversité clinique s'explique en partie par des anomalies génétiques accumulées dans les cellules tumorales. Des mutations somatiques dans les gènes liés aux maladies hématologiques augmentent avec l'âge, ce qui pourrait contribuer à la forte incidence de la LLC chez les personnes âgées. Cependant, ces mutations ne suffisent pas à expliquer l'instabilité chromosomique et les lésions de l'ADN observées dans la LLC, souvent exacerbées par des altérations des mécanismes de réparation de l'ADN, essentielles à la progression et la résistance de la maladie aux traitements.
Notre projet de recherche vise à explorer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent la génération de ces lésions. En particulier, nous nous intéressons à deux types de lésions génétiques : d'une part, les réarrangements chromosomiques atypiques affectant les gènes des immunoglobulines et, d'autre part, les réarrangements génétiques associés à la LLC avec trisomie 12.
Dans environ 5 % des cas, des remaniements chromosomiques impliquant un gène des immunoglobulines sont mis en évidence. Ce type de remaniement implique généralement des oncogènes connus (MYC ou BCL2), mais aussi des partenaires variés, parfois non identifiés. Nos travaux préliminaires ont permis d'identifier de nouveaux gènes partenaires pouvant constituer des oncogènes. Pour confirmer cette hypothèse, nous souhaitons modéliser dans des lignées cellulaires lymphoblastoïdes B humaines les remaniements chromosomiques identifiés par technique CRISPR-Cas9. Ceci nous permettra d'étudier les conséquences de ces remaniements sur la prolifération cellulaire et l'apoptose ainsi que les voies dérégulées, permettant de mieux comprendre la pathogénèse de la LLC et d'identifier potentiellement de nouvelles cibles thérapeutiques.
Parmi les anomalies génétiques, la trisomie 12 (T12) est la deuxième plus fréquente et est associée à des sous-groupes distincts de LLC marqués par des altérations chromosomiques variées. Nos résultats préliminaires montrent que les cellules LLC T12 ont une proportion élevée de cellules en phase S du cycle cellulaire, indiquant une prolifération accrue et une résistance potentielle aux agents chimiothérapeutiques. Ces cellules présentent en effet une fraction de cellules en phase S « quiescente » résistante aux dommages causés par la bléomycine, suggérant une tolérance accrue aux traitements de chimiothérapie.
Ces travaux visent à comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la génération de ces lésions génétiques et leurs impacts cliniques. L'identification de marqueurs pronostiques et de nouvelles cibles thérapeutiques permettra à terme de mieux anticiper l'évolution de la LLC et d'adopter des stratégies thérapeutiques adaptées pour chaque sous-groupe de patients.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) is a common B-cell cancer, with 4,674 new cases diagnosed in France in 2018. Its clinical heterogeneity is partly explained by genetic abnormalities accumulated in tumor cells. Somatic mutations in genes associated with hematological diseases increase with age, which may contribute to the high incidence of CLL in elderly individuals. However, these mutations alone do not fully explain the chromosomal instability and DNA damage observed in CLL, which are often exacerbated by alterations in DNA repair mechanisms—key factors in disease progression and treatment resistance.

Our research project aims to investigate the molecular mechanisms underlying the generation of these lesions. Specifically, we focus on two types of genetic alterations: (i) atypical chromosomal rearrangements affecting immunoglobulin genes and (ii) genetic rearrangements associated with CLL with trisomy 12.

In approximately 5% of cases, chromosomal rearrangements involving an immunoglobulin gene are detected. These rearrangements typically involve well-known oncogenes (such as MYC or BCL2), but they can also involve diverse, sometimes unidentified, partner genes. Our preliminary studies have identified novel partner genes that could potentially function as oncogenes. To confirm this hypothesis, we aim to model the chromosomal rearrangements identified in human B-lymphoblastoid cell lines using CRISPR-Cas9 technology. This approach will allow us to study the impact of these rearrangements on cell proliferation, apoptosis, and deregulated signaling pathways, thereby improving our understanding of CLL pathogenesis and potentially identifying new therapeutic targets.

Among genetic abnormalities, trisomy 12 (T12) is the second most frequent and is associated with distinct CLL subgroups characterized by various chromosomal alterations. Our preliminary data show that T12-CLL cells exhibit a high proportion of cells in the S phase of the cell cycle, indicating increased proliferation and potential resistance to chemotherapeutic agents. Indeed, these cells harbor a subset of 'quiescent' S-phase cells that are resistant to bleomycin-induced damage, suggesting an enhanced tolerance to chemotherapy treatments.

This research aims to elucidate the molecular mechanisms involved in the generation of these genetic lesions and their clinical impact. Identifying prognostic markers and novel therapeutic targets will ultimately enable better prediction of CLL progression and the development of tailored treatment strategies for different patient subgroups.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Début de la thèse : 01/10/2025
WEB : https://www.unilim.fr/cribl/

Financement d'une collectivité locale ou territoriale

Université de Limoges

652 Biologie, Chimie, Santé

Nous recherchons un/une doctorant(e) motivé(e) et rigoureux/se, ayant un fort intérêt pour la biologie moléculaire et cellulaire, la régulation de l'expression génique et les mécanismes épigénétiques associés aux cancers. Des notions concernant le développement normal des lymphocytes B seront appréciées mais ne sont pas un prérequis. Compétences générales Requises : • Autonomie et rigueur scientifique : capacité à organiser et mener ses expériences de manière autonome • Travail en équipe : collaboration avec d'autres chercheurs et bio-informaticiens • Capacités de communication : rédaction de présentations en conférences et séminaires • Maîtrise de l'anglais scientifique (écrit et oral) Formation et expérience souhaitées • Master 2 en biologie moléculaire, biotechnologie, bioinformatique ou domaine connexe • Expérience pratique en biologie moléculaire et/ou en génomique • Expérience en culture cellulaire • Connaissance des approches de séquençage à haut débit • Connaissances de cytogénétique Connaissances appréciées mais non requises : traitement et analyse de données issues du séquençage haut débit o Familiarité avec des outils bioinformatiques pour l'analyse de RNA-seq et Hi-C (ex. HiCExplorer, DESeq2, EdgeR) o Notions en R ou Python pour l'analyse des données transcriptomiques et épigénétiques o Utilisation de bases de données publiques (TCGA, ENCODE) pour comparer les profils d'expression
We are looking for a motivated and rigorous PhD candidate with a strong interest in molecular and cellular biology, gene expression regulation, and epigenetic mechanisms associated with cancer. Knowledge of normal B cell development is appreciated but not required. Required General Skills: Scientific autonomy and rigor: Ability to design, organize, and conduct experiments independently Teamwork: Collaboration with other researchers and bioinformaticians Communication skills: Ability to present research findings at conferences and seminars Proficiency in scientific English (written and spoken) Desired Education and Experience: Master's degree (MSc) in molecular biology, biotechnology, bioinformatics, or a related field Hands-on experience in molecular biology and/or genomics Experience in cell culture Knowledge of high-throughput sequencing approaches Familiarity with cytogenetics Additional Knowledge (Appreciated but Not Required): Processing and analysis of high-throughput sequencing data, including: Bioinformatics tools for RNA-seq and Hi-C analysis (e.g., HiCExplorer, DESeq2, EdgeR) Basic programming skills in R or Python for transcriptomic and epigenetic data analysis Use of public databases (e.g., TCGA, ENCODE) to compare expression profiles