Holobiome et changement climatique : le rôle du microbiome dans les mécanismes d'adaptation des écosystèmes forestiers // Holobiome and climate change: the role of the microbiome in adaptation mechanisms of forest ecosystems

Les forêts tempérées subissent des pressions croissantes sous l'effet du changement climatique, mettant en péril leur capacité de régénération. Parmi les facteurs clés de leur résilience, le microbiome du sol joue un rôle essentiel en régulant l'absorption des nutriments et la réponse des plantules aux stress environnementaux. Ce projet de thèse explore comment les communautés microbiennes influencent la croissance et la physiologie de Fagus sylvatica et Acer pseudoplatanus, en s'appuyant sur trois approches : (1) une analyse des interactions plante-microbiome le long d'un gradient latitudinal, afin de comprendre comment la diversité et la composition des communautés microbiennes du sol varient avec le climat et influencent les traits phénotypiques des plantules ; (2) une expérimentation en serre visant à tester si la diversité microbienne et l'exposition à des microbiomes pré-adaptés aux climats chauds améliorent la tolérance des plantules au stress thermique ; (3) une modélisation des trajectoires d'adaptation des forêts en intégrant des données écologiques, microbiologiques et génétiques. En combinant observations de terrain et expérimentations en serre, cette thèse propose une approche intégrative pour comprendre les mécanismes d'adaptation et contribuer à la gestion durable des écosystèmes forestiers face aux changements globaux.
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Temperate forests are facing increasing pressures due to climate change, threatening their regenerative capacity. Among the key factors of their resilience, the soil microbiome plays a crucial role by regulating nutrient uptake and the response of seedlings to environmental stress. This PhD project explores how microbial communities influence the growth and physiology of Fagus sylvatica and Acer pseudoplatanus, using three approaches:
(1) an analysis of plant–microbiome interactions along a latitudinal gradient, to understand how the diversity and composition of soil microbial communities vary with climate and influence the phenotypic traits of seedlings; (2) a greenhouse experiment to test whether microbial diversity and exposure to microbiomes pre-adapted to warmer climates enhance seedling tolerance to heat stress; (3) a modeling of forest adaptation trajectories by integrating ecological, microbiological, and genetic data. By combining field observations and greenhouse experiments, this thesis offers an integrative approach to understanding adaptation mechanisms and contributing to the sustainable management of forest ecosystems in the face of global change.
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Début de la thèse : 01/10/2025
WEB : https://www.u-picardie.fr/edysan/

Financement d'un établissement public Français

Université de Picardie - Jules Verne

585 Sciences, Technologie, Santé

Le/la candidat·e devra être titulaire d'un master en écologie, biologie des organismes, biologie végétale, ou dans un domaine connexe. Une solide formation en écologie fonctionnelle et en biostatistiques est attendue. Une expérience préalable en microbiologie environnementale, écophysiologie végétale ou en analyse de données de séquençage (métabarcoding, bioinformatique) serait un atout. Le/la candidat·e doit faire preuve d'autonomie, de rigueur scientifique, d'un bon esprit de synthèse, et avoir de bonnes capacités rédactionnelles. La capacité à travailler en équipe dans un cadre interdisciplinaire et à l'international est essentielle. Une bonne maîtrise de l'anglais scientifique est requise.
The candidate should hold a Master's degree in ecology, plant biology, environmental sciences, or a related field. A strong background in functional ecology and biostatistics is expected. Previous experience in environmental microbiology, plant ecophysiology, or bioinformatic analysis of microbial data (e.g., metabarcoding) would be advantageous. The candidate should demonstrate scientific rigor, autonomy, teamwork skills, and good writing abilities. An aptitude for interdisciplinary and international collaboration is essential. Proficiency in scientific English is required.